10月の終わりから11月にかけて、勤務先から「年末調整の書類を出してください」という案内が届きます。家を買って2年目の人は、ここで手が止まりやすいはずです。初年度は自分で確定申告をしたのに、今年は会社に出すだけでいいのか？と迷ってしまうからです。
SNSを見ても「税務署から届いた封筒をどこにしまったか覚えていない」「残高証明書がまだ来ない」といった投稿が、毎年この時期になると増えてきます。手続き自体は難しくありません。ただ、書類の名前が長くて似ているので、どれが必要なのかがわかりにくいのです。
そこで本記事では、住宅ローン控除 2年目 年末調整の流れを、公開されている国税庁や国土交通省の情報をもとに整理しました。必要書類の見分け方から書き方、うまくいかなかったときの対処法まで、順番にまとめています。
先に結論
- 会社員なら、2年目以降は年末調整だけで控除を受けられる（確定申告はいらない）
- 必要なのは「税務署から届く控除申告書」と「金融機関の年末残高証明書」の2つが基本
- 令和5年以降に入居した人は、残高証明書がいらない場合がある
- 年末調整に間に合わなくても、確定申告をすれば控除は受けられる
もし控除を受けそびれると、年間で数万円から数十万円の還付がなくなってしまうこともあります。損をしないためにも、まずは基本から確認していきましょう。
住宅ローン控除2年目の年末調整｜まず押さえたい基礎知識
手続きの話に入る前に、そもそも「なぜ2年目から楽になるのか」を整理しておきます。ここがわかると、書類が必要な理由もすっと頭に入ってくるはずです。
初年度と2年目以降で何が違うのか
住宅ローン控除（正式名は「住宅借入金等特別控除」）は、ローンの年末残高に応じて所得税が安くなる制度です。初年度だけは、会社員でも必ず自分で確定申告をしなければなりません。家の登記や契約内容を、税務署が一度しっかり確認する必要があるからです。
一方で、2年目以降は事情が変わります。家の条件はすでに確認済みなので、あとは「その年の残高はいくらか」がわかれば計算できる。だからこそ、会社の年末調整で処理できる仕組みになっているわけです。
| 項目 | 初年度 | 2年目以降（会社員） |
|---|---|---|
| 手続き方法 | 確定申告（翌年2〜3月ごろ） | 勤務先の年末調整 |
| 提出先 | 税務署 | 勤務先 |
| 主な書類 | 登記事項証明書、売買契約書の写しなど多数 | 控除申告書＋年末残高証明書が基本 |
| 手間の目安 | 多い | 少ない（書いて渡すだけ） |
控除額の計算のしかた
計算はシンプルです。年末のローン残高 × 控除率で出た金額が、その年の所得税から引かれます。令和4年以降に入居した人の控除率は0.7%で、残高には住宅の種類ごとに上限（借入限度額）が決まっています。
例えば年末残高が3,000万円なら、3,000万円 × 0.7% ＝ 21万円が控除額の目安になる。ただし、所得税がそれより少なければ、引ききれなかった分は翌年の住民税から一部が差し引かれます。住民税側の上限は、本記事執筆時点で年97,500円です。
住民税の分は、自分で手続きする必要はありません。年末調整の結果が勤務先から市区町村へ伝わり、翌年度の住民税に自動で反映されます。
注意
控除率・借入限度額・控除期間は、入居した年や住宅の省エネ性能によって変わります。国土交通省の案内によると、令和8年度税制改正で制度の適用期限は令和12年12月31日の入居分まで延長されました（本記事執筆時点）。ただし、すでに初年度申告を済ませた人の2年目以降の手続きの流れが変わったという情報は、筆者が確認した範囲では見当たりません。自分の条件は、税務署から届いた書類で確認するのがいちばん確実です。
年末調整で控除を受けられない人もいる
ここは見落としやすいポイントです。個人事業主やフリーランスなど、そもそも年末調整がない人は、2年目以降も毎年確定申告が必要になります。また、会社員でも給与の収入が2,000万円を超える人は年末調整の対象外なので、同じく確定申告で控除を受けることになる。
さらに、令和4年以降に入居した人は、その年の合計所得金額が2,000万円を超えると、その年は控除を受けられません。賞与が大きく増えた年などは、念のため確認しておくと安心でしょう。
2年目の年末調整で必要な書類と準備
ここからが本題です。準備する書類は、基本的に次の2つだけ。それぞれ「誰が発行して、いつ届くのか」を知っておけば、慌てずにそろえられます。
税務署から届く書類
給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書
初年度の確定申告が終わると、しばらくして税務署から封筒が届きます。中に入っているのが「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」と「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書」です。この2つは1枚の用紙にまとまった形になっています。
見落としがちなのが、この用紙は残りの年数分がまとめて届くという点です。控除期間が13年なら、2年目から13年目までの12年分が一度に送られてくる。1年に1枚ずつ使うので、残りは大切に保管しておいてください。
電子データで受け取っている場合
初年度をe-Taxで申告した人は、この証明書を電子データで受け取れる場合があります。マイナポータルと連携していれば、勤務先が対応している年末調整ソフトに取り込むことも可能です。紙が見つからないときは、マイナポータル側も確認してみるとよいでしょう。
金融機関から届く書類
住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書
もう1つは、ローンを借りている銀行などから届く「年末残高等証明書」です。多くの金融機関では10月ごろに郵送されますが、時期は金融機関によって違う。ネット銀行では、紙を送らずにWeb上でダウンロードする形式をとっているところもあります。
夫婦でそれぞれローンを組んでいる場合や、1本のローンを連帯債務で借りている場合は、名義ごとに証明書が必要です。自分の分が届いているかを確認しておきましょう。
令和5年以降に入居した人は不要な場合がある
制度の見直しにより、令和5年1月1日以降に入居した人は、金融機関が税務署へ残高のデータを直接提出する仕組みに変わりました。初年度の前に金融機関へ「住宅ローン控除の適用申請書」を提出していれば、残高証明書を年末調整で添付しなくてよいとされています。
この場合、税務署から届く証明書のほうに年末残高などが記載されています。ただ、金融機関や入居時期によって扱いが異なることもあるため、自分がどちらに当てはまるのかは、届いた書類と勤務先の案内であわせて確かめるのが確実です。
| 書類名 | 発行元 | 届く時期の目安 | 必要性 |
|---|---|---|---|
| 控除申告書 兼 控除証明書 | 税務署 | 初年度申告の後（残り年数分まとめて） | 必須 |
| 年末残高等証明書（令和4年以前入居） | 金融機関 | 毎年10月ごろ（金融機関による） | 必須 |
| 年末残高等証明書（令和5年以降入居） | 金融機関 | 同上 | 条件により不要 |
控除申告書の書き方と提出までの手順
書類がそろったら、あとは記入して会社に出すだけです。全体の流れを先に見ておくと、作業の見通しが立ちやすくなります。
提出までの5ステップ
- 書類を探す：税務署の封筒から今年分の用紙を1枚取り出す（年分の記載を確認）
- 残高を確認する：年末残高等証明書を見て、年末時点の残高を確かめる
- 申告書に記入する：氏名・住所のほか、残高や控除額を書き込む
- 添付する：残高証明書が必要な人は原本を一緒にする
- 勤務先へ提出する：社内の締め切りまでに担当部署へ渡す
記入するときに迷いやすいポイント
年分の取り違え
まとめて届いた用紙には、それぞれ「令和〇年分」と印刷されています。今年分ではない用紙を使ってしまうのは典型的なミスで、提出後に差し戻されることになる。使う前に年分を一度確認してください。
年末残高の書き方
残高証明書に書かれている「年末残高」の金額をそのまま写します。ただし、借入限度額を超えている場合は限度額が上限です。また、住宅の取得価格より残高が多いときは、取得価格のほうを使うルールがあります。
共有名義の場合の持分
夫婦で家を共有している人は、自分の持分割合に応じた残高を書く欄があります。初年度の確定申告で使った割合と同じになるのが基本です。迷ったら、初年度の申告書の控えを手元に置いて見比べながら書くと、ずれが起きにくくなります。
提出期限に注意
年末調整の書類は、多くの会社で11月中旬〜下旬が締め切りです。残高証明書の到着が遅れると間に合わないこともあるため、10月中に書類の有無を確認しておくと安心です。具体的な日程は会社ごとに違うので、社内の案内を確認してください。
2年目以降の年末調整でつまずきやすいケース
基本の流れはシンプルです。しかし実際には「用紙をなくした」「転職した」など、ちょっとした事情で手が止まる人が少なくありません。よくあるケースごとに対処法をまとめました。
書類のトラブル
税務署の申告書をなくした
何年分もまとめて届く書類なので、引っ越しや大掃除で行方不明になるのは珍しくありません。ですが心配は無用です。住んでいる地域を管轄する税務署に申請すれば、再発行してもらえます。
申請には「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書」の交付申請書を使います。郵送でも申請できますが、届くまでに時間がかかるため、気づいた時点ですぐ動くのが賢明です。
残高証明書が届かない
まずは金融機関のWebサイトやアプリを確認しましょう。電子交付に切り替わっていることがあります。それでも見つからない場合は、金融機関に再発行を依頼します。なお、令和5年以降に入居した人なら、そもそも提出が不要なケースもあります。
働き方・家族構成の変化
転職した
年の途中で転職した場合でも、年末時点で勤めている会社の年末調整で控除を受けられます。前の職場の源泉徴収票と一緒に、控除申告書を新しい勤務先へ出せば大丈夫です。
ペアローン・連帯債務
夫婦それぞれが控除を受けるなら、2人とも自分の勤務先で年末調整を行う必要があります。片方だけ出して、もう片方は出し忘れる――このパターンは意外と多いようです。家族で声をかけ合うのが確実でしょう。
産休・育休で収入が減った
収入が減って所得税が少なくなると、控除しきれない金額が出てきます。この分は住民税から差し引かれますが、上限があるため、控除の効果が一部目減りする可能性はある。制度上は仕方のない部分なので、あらかじめ知っておくと気持ちの準備ができます。
ローンの変化
繰り上げ返済をした
繰り上げ返済をすると、年末の残高が減るぶん控除額も小さくなります。手続き自体は変わりません。最新の残高証明書の金額をそのまま使えば問題ありません。
借り換えをした
借り換え後も、一定の条件を満たせば控除は続けられます。ただし、新しいローンの残高をそのまま書けるとは限りません。借り換え時の残高との関係で計算が変わることがあるため、税務署や国税庁のタックスアンサーで確認するのが安全です。
ケース別の対応一覧
ここまでの内容を、一覧表にまとめておきます。自分に当てはまる行だけ読めば、次に何をすべきかがわかるはずです。
| ケース | 対応 | 緊急度 |
|---|---|---|
| 申告書をなくした | 税務署へ再交付を申請 | 早めに |
| 残高証明書が届かない | Webを確認し、なければ金融機関へ再発行依頼 | 早めに |
| 転職した | 新しい勤務先へ申告書を提出 | 通常 |
| ペアローン・連帯債務 | 夫婦それぞれが勤務先へ提出 | 通常 |
| 繰り上げ返済をした | 最新の残高で記入（手続きは同じ） | 通常 |
| 借り換えをした | 記入額の計算を税務署等で確認 | 要確認 |
| 転勤などで住まなくなった | 原則その年は控除不可（再入居時の特例あり） | 要確認 |
| 年末調整に間に合わない | 翌年に確定申告で控除を受ける | 救済あり |
年末調整に間に合わなかったら
締め切りを過ぎても、控除がなくなるわけではありません。翌年の確定申告で手続きすれば、同じように控除を受けられます。勤務先から受け取る源泉徴収票と、控除申告書・残高証明書を用意して申告する流れです。
還付を受けるための申告は、対象の年の翌年1月1日から5年間できるとされています。過去に出し忘れた年があった人も、期間内ならさかのぼって手続きできる可能性があるのです。
今日からできる準備チェックリスト
ここまで読んで「やることはわかった」と感じた人は、あとは実行するだけです。次のチェックリストを上から順に確認していけば、抜け漏れを防げます。
10月中にやること
- 税務署から届いた封筒を見つけ、今年分の用紙があるか確認する
- 金融機関から年末残高等証明書が届いたか確認する（Web交付も含む）
- 自分の入居年が令和5年以降かどうか確かめる
- 勤務先の年末調整の締め切り日を確認する
11月の提出前にやること
- 用紙の年分が今年のものか見直す
- 年末残高の金額を、証明書と照らし合わせる
- 共有名義なら持分割合が初年度と同じか確認する
- 配偶者もローンを組んでいるなら、相手の提出状況も確かめる
翌年1月以降にやること
- 源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除の額」の欄に金額が入っているか確認する
- もし反映されていなければ、勤務先に問い合わせるか確定申告を検討する
- 残りの年分の用紙を、1か所にまとめて保管し直す
特に最後の確認は軽視されがちです。源泉徴収票に金額が載っていれば、控除がきちんと反映された証拠になる。年に一度のことなので、ここまでやって「完了」と考えるとよいでしょう。
よくある質問
Q. 2年目以降も確定申告をしたほうが得になりますか？
A. 控除される金額は、年末調整でも確定申告でも同じです。会社員であれば、手間の少ない年末調整で済ませるのが一般的でしょう。ただし、医療費控除など別の控除を受けたい年は、確定申告をする必要があります。
Q. 控除申告書を紛失しました。今年の控除は受けられませんか？
A. 受けられます。管轄の税務署に再交付を申請すれば、新しい用紙を発行してもらえます。年末調整に間に合わない場合でも、翌年の確定申告で手続きすれば問題ありません。
Q. 令和5年以降に入居しました。残高証明書は必要ですか？
A. 初年度の前に金融機関へ適用申請書を提出していれば、原則として残高証明書の添付は不要とされています。税務署から届く証明書に残高が記載されているかどうかで判断できます。わからない場合は勤務先や税務署に確認してください。
Q. 住民税からの控除は、自分で手続きが必要ですか？
A. 必要ありません。年末調整の情報が勤務先から市区町村に伝わり、翌年度の住民税に自動で反映される仕組みです。
Q. 年末調整で出し忘れた年があります。今からでも取り戻せますか？
A. 還付を受けるための申告は、対象年の翌年1月1日から5年間できるとされています。期間内であれば、確定申告をすることで控除を受けられる可能性があります。
まとめ｜2年目の年末調整は「書類探し」が9割
住宅ローン控除の2年目以降は、会社員なら年末調整だけで手続きが完了します。難しい計算は必要ありません。やるべきことは、税務署の控除申告書と金融機関の残高証明書をそろえ、締め切りまでに会社へ出すこと。これだけです。
一方で、書類の紛失や出し忘れは毎年のように起きています。とはいえ、再発行の制度や確定申告という救済手段もあるので、慌てる必要はない。この記事のチェックリストを使って、今年の分を確実に終わらせてください。
住宅ローンの金利や繰り上げ返済、借り換えの考え方については、同じカテゴリの記事もあわせて参考にしてみてください。
参考情報
- 国税庁「No.1213 住宅の新築等をし、令和4年以降に居住の用に供した場合（住宅借入金等特別控除）」（本記事執筆時点で確認）
- 国税庁「年末調整のしかた」関連資料（本記事執筆時点で確認）
- 国税庁「住宅ローン控除の適用を受ける方へ（令和5年1月1日以後の居住分）」（本記事執筆時点で確認）
- 国土交通省「住宅ローン減税」関連ページ（令和8年度税制改正の内容を含む、本記事執筆時点で確認）
- 総務省「個人住民税の住宅借入金等特別税額控除」関連資料（本記事執筆時点で確認）
